O ensino da medicina começou na Bahia. De ordem do Príncipe Regente, o Marquês de Aguiar (D. Fernando José de Portugal) escreveu uma carta, em 18 de fevereiro de 1808, ao Conde da Ponte, Governador da Capitania da Bahia, “na qual lhe participava a resolução tomada pelo Príncipe de fundar nesta cidade uma Escola de Cirurgia, que funcionaria no Real Hospital Militar da mesma, instalado na casa anteriormente ocupada pelo Colégio dos Jesuítas, sita ao Terreiro de Jesus, a qual, grandemente reformada, faz parte do novo edifício da nossa Faculdade de Medicina.”
Em 29 de dezembro de 1815 a Escola de Cirurgia da Bahia sofria uma reforma e em 3 de outubro de 1832 a Regência criava a Faculdade de Medicina da Bahia, com um Curso de Farmácia, anexo, igual ao Rio de Janeiro. Segundo o professor Gonçalo Moniz, do ensino da química farmacêutica foi encarregado o boticário João Gomes da Silva e para o doutor Malaquias dos Santos, o ensino da Farmácia foi muito negligente no início.
Na Tese que Carvalho apresentou ao Primeiro Congresso Médico-Social Brasileiro, de 1945, escreveu:
“Por carta régia de 28 de janeiro de 1817 foi criada nesta cidade uma cadeira de química teórica e aplicada às diferentes artes e ramos da indústria, para a regência da qual foi nomeado o doutor Sebastião Navarro de Andrade, considerado como profissional distinto. Era essa cadeira independente do Colégio Médico-Cirúrgico, mas em virtude da resolução tomada em dezembro de 1819, pelo Governador da Capitania, o conde da Palma, como resposta à consulta que lhe haviam feito os lentes do Colégio, ficaram os alunos deste obrigados ao exame de química antes do exame final do 5º ano.”
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